MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018 chromosome

Total Repeats: 117194

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007705	GC	3	6	6	11	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007705	CAGC	2	8	14	21	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_007705	GAT	2	6	26	31	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007705	GATG	2	8	40	47	25 %	25 %	50 %	0 %	84621658
5	NC_007705	CCCG	2	8	85	92	0 %	0 %	25 %	75 %	84621658
6	NC_007705	GCA	2	6	396	401	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621658
7	NC_007705	GCC	2	6	416	421	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	84621658
8	NC_007705	TGT	2	6	471	476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	84621658
9	NC_007705	GCA	2	6	480	485	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621658
10	NC_007705	CGG	2	6	516	521	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	84621658
11	NC_007705	TTC	2	6	581	586	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	84621658
12	NC_007705	GAT	2	6	592	597	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	84621658
13	NC_007705	CAG	2	6	644	649	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621658
14	NC_007705	CGA	2	6	667	672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621658
15	NC_007705	TTC	2	6	680	685	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	84621658
16	NC_007705	TTC	2	6	713	718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	84621658
17	NC_007705	GCC	2	6	744	749	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	84621658
18	NC_007705	ATC	2	6	755	760	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	84621658
19	NC_007705	CG	3	6	780	785	0 %	0 %	50 %	50 %	84621658
20	NC_007705	GTCG	2	8	835	842	0 %	25 %	50 %	25 %	84621658
21	NC_007705	CGAT	2	8	843	850	25 %	25 %	25 %	25 %	84621658
22	NC_007705	CCG	2	6	851	856	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	84621658
23	NC_007705	CGA	2	6	919	924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621658
24	NC_007705	AAG	2	6	944	949	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	84621658
25	NC_007705	GC	3	6	978	983	0 %	0 %	50 %	50 %	84621658
26	NC_007705	TGG	2	6	993	998	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	84621658
27	NC_007705	CG	3	6	999	1004	0 %	0 %	50 %	50 %	84621658
28	NC_007705	GC	4	8	1066	1073	0 %	0 %	50 %	50 %	84621658
29	NC_007705	ACT	2	6	1119	1124	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	84621658
30	NC_007705	GCCG	2	8	1253	1260	0 %	0 %	50 %	50 %	84621658
31	NC_007705	ACCAC	2	10	1263	1272	40 %	0 %	0 %	60 %	84621658
32	NC_007705	TGC	2	6	1275	1280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621658
33	NC_007705	TGCC	2	8	1282	1289	0 %	25 %	25 %	50 %	84621658
34	NC_007705	CCA	2	6	1490	1495	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_007705	AAAC	2	8	1544	1551	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_007705	CAC	2	6	1589	1594	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_007705	CCTG	2	8	1724	1731	0 %	25 %	25 %	50 %	84621659
38	NC_007705	GGAC	2	8	1760	1767	25 %	0 %	50 %	25 %	84621659
39	NC_007705	CG	3	6	1808	1813	0 %	0 %	50 %	50 %	84621659
40	NC_007705	GGA	2	6	1823	1828	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	84621659
41	NC_007705	ACC	2	6	1845	1850	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	84621659
42	NC_007705	CCCG	2	8	1854	1861	0 %	0 %	25 %	75 %	84621659
43	NC_007705	GC	3	6	1880	1885	0 %	0 %	50 %	50 %	84621659
44	NC_007705	CTGC	2	8	1974	1981	0 %	25 %	25 %	50 %	84621659
45	NC_007705	CCGT	2	8	1992	1999	0 %	25 %	25 %	50 %	84621659
46	NC_007705	GTG	3	9	2025	2033	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	84621659
47	NC_007705	CAG	2	6	2085	2090	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621659
48	NC_007705	CTA	2	6	2099	2104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	84621659
49	NC_007705	CTG	2	6	2115	2120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621659
50	NC_007705	TGC	2	6	2140	2145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621659
51	NC_007705	GGC	2	6	2205	2210	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	84621659
52	NC_007705	ATC	2	6	2223	2228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	84621659
53	NC_007705	GCT	2	6	2252	2257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621659
54	NC_007705	TGCG	2	8	2434	2441	0 %	25 %	50 %	25 %	84621659
55	NC_007705	GC	3	6	2450	2455	0 %	0 %	50 %	50 %	84621659
56	NC_007705	CGAA	2	8	2467	2474	50 %	0 %	25 %	25 %	84621659
57	NC_007705	AAG	3	9	2542	2550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	84621659
58	NC_007705	CGA	2	6	2582	2587	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621659
59	NC_007705	CAG	2	6	2702	2707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621659
60	NC_007705	GTT	2	6	2802	2807	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007705	GC	3	6	2872	2877	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_007705	CGC	2	6	2971	2976	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_007705	CA	3	6	3014	3019	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_007705	CTG	2	6	3090	3095	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_007705	CG	4	8	3105	3112	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_007705	G	6	6	3146	3151	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007705	CGG	2	6	3175	3180	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_007705	AG	3	6	3199	3204	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007705	CAAT	2	8	3313	3320	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_007705	GTCC	2	8	3334	3341	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_007705	CAG	2	6	3356	3361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_007705	TC	3	6	3363	3368	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_007705	CTT	2	6	3490	3495	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_007705	TTG	2	6	3538	3543	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007705	ATC	2	6	3555	3560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_007705	GAT	2	6	3729	3734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007705	GTT	3	9	3768	3776	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007705	CCTG	2	8	3891	3898	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_007705	CCGT	2	8	3906	3913	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007705	TCG	2	6	4031	4036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621660
81	NC_007705	CAA	2	6	4182	4187	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	84621660
82	NC_007705	TGGAA	2	10	4213	4222	40 %	20 %	40 %	0 %	84621660
83	NC_007705	GGC	2	6	4227	4232	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	84621660
84	NC_007705	TGC	2	6	4235	4240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621660
85	NC_007705	TG	3	6	4333	4338	0 %	50 %	50 %	0 %	84621660
86	NC_007705	GTG	2	6	4350	4355	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	84621660
87	NC_007705	GCG	2	6	4387	4392	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	84621660
88	NC_007705	GTG	2	6	4393	4398	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	84621660
89	NC_007705	CCG	2	6	4403	4408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	84621660
90	NC_007705	GC	4	8	4475	4482	0 %	0 %	50 %	50 %	84621660
91	NC_007705	GC	3	6	4513	4518	0 %	0 %	50 %	50 %	84621660
92	NC_007705	CG	3	6	4773	4778	0 %	0 %	50 %	50 %	84621660
93	NC_007705	CAAGC	2	10	4833	4842	40 %	0 %	20 %	40 %	84621660
94	NC_007705	GCCT	2	8	4854	4861	0 %	25 %	25 %	50 %	84621660
95	NC_007705	AGA	2	6	4874	4879	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	84621660
96	NC_007705	AGCGA	2	10	4891	4900	40 %	0 %	40 %	20 %	84621660
97	NC_007705	GAC	2	6	4920	4925	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621660
98	NC_007705	CAC	2	6	4947	4952	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	84621660
99	NC_007705	GC	3	6	4956	4961	0 %	0 %	50 %	50 %	84621660
100	NC_007705	CCCG	2	8	5018	5025	0 %	0 %	25 %	75 %	84621660
101	NC_007705	C	6	6	5149	5154	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
102	NC_007705	TGT	2	6	5195	5200	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007705	CGA	2	6	5224	5229	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
104	NC_007705	TGC	2	6	5283	5288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621661
105	NC_007705	GGT	2	6	5374	5379	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	84621661
106	NC_007705	CGA	2	6	5392	5397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
107	NC_007705	CGA	2	6	5416	5421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
108	NC_007705	GAA	2	6	5501	5506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	84621661
109	NC_007705	TGC	2	6	5538	5543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621661
110	NC_007705	CGG	2	6	5548	5553	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	84621661
111	NC_007705	CGA	2	6	5560	5565	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
112	NC_007705	CGG	2	6	5584	5589	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	84621661
113	NC_007705	GGT	2	6	5611	5616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	84621661
114	NC_007705	CAG	2	6	5672	5677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
115	NC_007705	AGC	2	6	5712	5717	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
116	NC_007705	CAC	2	6	5740	5745	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	84621661
117	NC_007705	GGCGC	2	10	5806	5815	0 %	0 %	60 %	40 %	84621661
118	NC_007705	CGA	2	6	5863	5868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
119	NC_007705	CGA	2	6	5887	5892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
120	NC_007705	GGC	2	6	5906	5911	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	84621661
121	NC_007705	CGC	2	6	5949	5954	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	84621661
122	NC_007705	TGG	2	6	6000	6005	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	84621661
123	NC_007705	CAA	2	6	6058	6063	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	84621661
124	NC_007705	GGC	2	6	6080	6085	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	84621661
125	NC_007705	CCGCG	2	10	6103	6112	0 %	0 %	40 %	60 %	84621661
126	NC_007705	CG	3	6	6117	6122	0 %	0 %	50 %	50 %	84621661
127	NC_007705	GAC	2	6	6185	6190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
128	NC_007705	CGG	2	6	6288	6293	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	84621661
129	NC_007705	GC	3	6	6311	6316	0 %	0 %	50 %	50 %	84621661
130	NC_007705	CGAA	2	8	6342	6349	50 %	0 %	25 %	25 %	84621661
131	NC_007705	TCG	2	6	6372	6377	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621661
132	NC_007705	CG	3	6	6382	6387	0 %	0 %	50 %	50 %	84621661
133	NC_007705	GC	3	6	6389	6394	0 %	0 %	50 %	50 %	84621661
134	NC_007705	CG	3	6	6400	6405	0 %	0 %	50 %	50 %	84621661
135	NC_007705	GC	3	6	6410	6415	0 %	0 %	50 %	50 %	84621661
136	NC_007705	CGC	2	6	6425	6430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	84621661
137	NC_007705	GC	3	6	6435	6440	0 %	0 %	50 %	50 %	84621661
138	NC_007705	TGC	2	6	6576	6581	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621661
139	NC_007705	GC	3	6	6614	6619	0 %	0 %	50 %	50 %	84621661
140	NC_007705	CGA	2	6	6688	6693	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
141	NC_007705	ACC	2	6	6717	6722	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	84621661
142	NC_007705	CAT	2	6	6724	6729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	84621661
143	NC_007705	TGA	2	6	6732	6737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	84621661
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146	NC_007705	CTACAT	2	12	6823	6834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	84621661
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149	NC_007705	CGA	2	6	6958	6963	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621661
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155	NC_007705	GC	3	6	7181	7186	0 %	0 %	50 %	50 %	84621661
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162	NC_007705	CAA	2	6	7378	7383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	84621661
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220	NC_007705	GCAA	2	8	9853	9860	50 %	0 %	25 %	25 %	84621664
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250	NC_007705	A	6	6	11029	11034	100 %	0 %	0 %	0 %	84621664
251	NC_007705	ATC	2	6	11139	11144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
252	NC_007705	AAC	2	6	11191	11196	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	84621665
253	NC_007705	CACTG	2	10	11288	11297	20 %	20 %	20 %	40 %	84621665
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261	NC_007705	CCG	4	12	11475	11486	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	84621665
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264	NC_007705	C	7	7	11554	11560	0 %	0 %	0 %	100 %	84621665
265	NC_007705	CCG	2	6	11616	11621	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	84621665
266	NC_007705	CCG	2	6	11628	11633	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	84621665
267	NC_007705	GTCG	2	8	11711	11718	0 %	25 %	50 %	25 %	84621665
268	NC_007705	TGC	2	6	11750	11755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621665
269	NC_007705	GCA	2	6	11763	11768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621665
270	NC_007705	TCA	2	6	11910	11915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
271	NC_007705	CA	4	8	11917	11924	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
272	NC_007705	TGC	2	6	11941	11946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	84621666
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275	NC_007705	TCA	2	6	12121	12126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	84621666
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280	NC_007705	GCA	2	6	12304	12309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621666
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312	NC_007705	T	7	7	13655	13661	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_007705	TGT	2	6	13667	13672	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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342	NC_007705	AGC	2	6	15009	15014	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	84621671
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391	NC_007705	CGA	2	6	16997	17002	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
392	NC_007705	GTC	2	6	17003	17008	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
393	NC_007705	A	7	7	17074	17080	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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